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1915年3月27日，公共衛生主管機關得知瑪麗又將病毒擴散，便將她送回北兄弟島隔離，並判處終身隔離，她仍然不願意將她的膽囊切除。之後她後半生長達26年皆在隔離病房度過，在她的餘生中仍然受到限制。後來，她被允許在島上的實驗室擔任洗瓶子的義工。1932年中風使她癱瘓後，她被從她的小屋轉移到島上的醫院，她留在那裡直到於1938年11月11日死於肺炎，享年69歲。瑪麗過世後，驗屍官發現她的[[膽囊]]中有許多「活體傷寒桿菌」，瑪麗的遺體被火化，她的骨灰被埋葬在布朗克斯的聖雷蒙墓園。此項調查的報導一出，20世紀初的人們開始以「傷寒瑪莉」指稱帶有病原體卻沒有症狀的人稱為「帶原者」。<ref name=“storm"/><ref name=“Heho健康"/>