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在1798～1800年第二次反法同盟战争中， [[拿破仑·波拿]]巴将军对埃及的远征开始后，1798年7月26日土耳其政府请求和俄国给予军事援助。8月24日，俄国政府令黑海舰队中乌沙科夫指挥的分舰队由塞瓦斯托波尔进入[[地中海]]。该分舰队有战列舰6艘、巡航舰7艘及其它船只数艘，装备有火炮792门，计有人员7400名（其中包括登陆兵1700名）。9月4日，分舰队驶抵君士坦丁堡（伊斯坦布尔）。随后，根据乌沙科夫的建议，制订了收复被法军占领的位于亚得里亚海和爱奥尼亚海以及地中海东部的主要阵地——爱奥尼亚群岛的协同作战计划。凯德尔·贝伊海军中将指挥的一支 [[ 土耳其 ]] 分舰队（战列舰4艘、巡航舰6艘、轻巡航舰4艘、炮舰14艘）在达达尼尔海峡与俄国分舰队会合。9月25日，乌沙科夫将海军中校索罗金中队（战列舰4艘、炮舰10艘）派往 [[ 埃及 ]] 沿海，以配合霍雷肖·纳尔逊海军上将所率 [[ 英国 ]] 分舰队作战。10月5日，海军大尉绍斯塔克中队（战列舰2艘）驶近爱奥尼亚群岛海域，10月9日，派登陆兵在基西拉（切里戈）岛上陆并占领小型要塞圣尼科洛。10月11日，乌沙科夫分舰队驶近基西拉岛，并开始炮击另一要塞卡普萨利翁；翌日，在另一支登陆兵上陆后，该要塞守军投降。10月25日和10月28日，俄军登陆队在舰炮火力支援下，几乎未遇到 [[ 法国 ]] 守军的任何抵抗就先后占领了扎金索斯（赞捷）岛和凯法利尼亚岛。两岛 [[ 希腊 ]] 居民热烈欢迎解放者。10月29日，海军上校德米特里·尼古拉耶维奇·谢尼亚文（受分舰队派遣）率领一个舰艇中队（战列舰2艘，巡航舰2艘）开始攻击莱夫卡斯（圣马弗拉）岛要塞守军。但是，已上岸的登陆兵未能攻占要塞。乌沙科夫分舰队的舰只全部赶来增援谢尼亚文，法守军遂于11月14日投降。海军上校谢利瓦乔夫中队（战列舰3艘，巡航舰3艘）驶抵科孚岛后，于11月4日开始围攻拥有3700名守军、636门火炮的要塞。卫多岛上有五座炮台掩护通往科孚岛的几条海路。乌沙科夫分舰队于11月初驶抵科孚岛，派登陆兵上岛并构筑了几座炮台。对要塞的围攻一直持续到1799年2月中旬。3月1日，俄土联合分舰队（战列舰7艘、巡航舰10艘及一些其它舰船）摧毁了卫多岛上的敌炮台，并派登陆队占领了该岛。同日，俄军发起强攻，占领了科孚岛上的外围工事。3月2日要塞守军投降。至此，爱奥尼亚群岛全部收复，战事遂告结束。群岛建立了七岛联合共和国。该岛虽然名义上作为奥斯曼帝国的附庸国，但实际上受俄军保护。 1799年4月，当苏沃洛夫率联军开始进攻 [[ 意大利 ]] 时，乌沙科夫以科孚岛为基地，向意大利南部沿海派去了索罗金指挥的舰艇中队（巡航舰3艘，轻巡航舰2艘、炮舰4艘），该中队于5月4日攻占布林迪西，5月13日攻占巴里，5月20日又攻占曼弗雷多尼亚。在同一天，别利海军大尉指挥的水兵中队（570人、火炮6门）登陆，开始向意大利腹地进攻。6月14日，该中队与那不勒斯地区的地面部队共同发起强攻，占领了那不勒斯。普斯托什金海军少将指挥的第2舰艇中队（战列舰3艘、巡航舰4艘、轻巡航舰1艘）于5月12日驶离科孚岛后，封锁安科纳要塞。6月，海军中校沃伊诺维奇中队接替第2舰艇中队并继续进行封锁，直至安科纳投降（11月）。7—8月间，乌沙科夫指挥的俄土联合分舰队（战列舰10艘、巡航舰7艘）通过墨西拿海峡（西西里），北上那不勒斯，以配合纳尔逊海军上将的 [[ 英国 ]] 分舰队作战。应苏沃洛夫的请求，乌沙科夫从墨西拿派出了普斯托什金中队前去封锁热那亚。俄罗斯帝国皇帝保罗一世鉴于他身为医院骑士团大团长的地位，命令乌沙科夫向马耳他进发，此时的马耳他落入法国人手中而英国舰队却坐视不救。英国海军中将纳尔逊无法忍受他将要遵从乌沙科夫指挥的事实，反而建议俄国舰队应该被派遣去埃及。两位指挥官之间的冲突由于乌沙科夫被召回俄国而被阻止，1799年底，俄国与盟国关系恶化。因此，1800年1月11日乌沙科夫接到俄皇保罗一世召分舰队回国的命令（1800年10月分舰队返回塞瓦斯托波尔）。