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除了 將 将 自然界系 統 统 地分 為動 为动 物界、植物界和 礦 矿 物界外，《自然系 統 统 》 還為 还为 二名法的 創 创 立奠定了基 礎 础 ，而二名法 現 现 被用 於于[[ 學 学 名]]命名。他1753年出版的《植物 種 种 志》和1758年出版的《自然系 統 统 》第10版被 認為 认为 是命名法的 發 发 端。作 為 为 命名 動 动 植物的先 驅 驱 ，他提供的 學 学 名 後來 后来 都 優 优 先 採 采 用。唯一的例外是1757年[[卡 爾·亞歷 尔•亚历 山大 · • 克 萊 莱 克]]出版的《[[瑞典蜘蛛]]》， 該書 该书 中的命名 優 优 先 於 于 林奈的命名。他的天才吸引了 許 许 多年 輕學 轻学 生慕名而 來 来 ，林奈 將 将 他 們 们 送往 國 国 外 幫 帮 助自己收集植物， 這 这 使得他的著作比同 輩 辈 人更加有影 響 响 力。

=== 動 动 物 ===

林奈做出的 種屬 种属 以上的命名至今只有在 動 动 物界可以找到一些痕 跡 迹 ，其中一些沿用至今，但其用法 與 与 林奈 時 时 已然不同。按照林奈的 說 说 法， 動 动 物界 應該 应该 分 為 为 六 個綱 个纲 。在《自然系 統 统 》第10版中，它 們 们 是：#哺乳 綱 纲 （Mammalia）：包含[[哺乳 動 动 物]]，第一版中被分 為魚類 为鱼类 的 鯨 鲸 和[[西印度海牛]]被分到此 綱 纲 下。# 鳥綱 鸟纲 （Aves）：包含[[ 鳥類鸟类]]。林奈 將将[[蝙蝠]] 從鳥綱 从鸟纲 中移到哺乳 綱 纲 下。# 兩棲綱 两栖纲 （Amphibia）：包含[[ 兩棲動 两栖动 物]]、[[爬行 動 动 物]]和不 屬於属于[[硬骨 魚綱鱼纲]]的 魚 鱼 。# 魚綱 鱼纲 （Pisces）：包含硬骨 魚 鱼 ，其中[[ 鱸 鲈 形目]]被 單獨劃 单独划 出。#昆 蟲綱 虫纲 （Insecta）：包含所有[[ 節 节 肢 動 动 物]]。[[甲 殼綱壳纲]] 動 动 物、[[蛛形 綱纲]] 動 动 物和[[多足 類类]]被分在 無 无 翅目（Aptera）下。#蠕 蟲綱 虫纲 （Vermes）：包含剩下的[[ 無 无 脊椎 動 动 物]]。基本可以分 為 为 所 謂 谓 的“蠕 蟲 虫 ”、 軟體動 软件动 物和有硬 殼 壳 的生物，例如[[棘皮 動 动 物]]。

根 據 据 他的《性 別 别 系 統 统 》（{{Lang|la|Systema Sexuale}}），林奈的植物 綱 纲 、目 從沒 从没 想要代表自然的分 類 类 （ 這與 这与 他在《[[植物哲 學学]]》中的 觀點 观点 相抵 觸 触 ），而是只用 來區別 来区别 不同生物。 這種 这种 方法直到19世 紀還 纪还 被 稱 称 道。 這 这 些分 類 类 也 書寫 书写 在《自然分 類 类 》上，它 們 们 是：

* Classis 1. 單 单 雄蕊 綱 纲 （Monandria）* Classis 2. 二雄蕊 綱 纲 （Diandria）* Classis 3. 三雄蕊 綱 纲 （Triandria）* Classis 4. 四雄蕊 綱 纲 （Tetrandria）* Classis 5. 五雄蕊 綱 纲 （Pentandria）* Classis 6. 六雄蕊 綱 纲 （Hexandria）* Classis 7. 七雄蕊 綱 纲 （Heptandria）* Classis 8. 八雄蕊 綱 纲 （Octandria）* Classis 9. 九雄蕊 綱 纲 （Enneandria）* Classis 10. 十雄蕊 綱 纲 （Decandria）* Classis 11. 十二雄蕊 綱 纲 （Dodecandria）* Classis 12. 二十雄蕊 綱 纲 （Icosandria）* Classis 13. 多雄蕊 綱 纲 （Polyandra）* Classis 14. 二 強 强 雄蕊 綱 纲 （Didynamia）* Classis 15. 四 強 强 雄蕊 綱 纲 （Tetradynamia）* Classis 16. 單體 单体 雄蕊 綱 纲 （Monadelphia）* Classis 17. 二 體 体 雄蕊 綱 纲 （Diadelphia）* Classis 18. 多 體 体 雄蕊 綱 纲 （Polyadelphia）* Classis 19. 聚 藥 药 雄蕊 綱 纲 （Syngenesia）* Classis 20. 合 體 体 雄蕊 綱 纲 （Gynandria）* Classis 21. 雌雄同株 綱 纲 （Monoecia）* Classis 22. 雌雄 異 异 株 綱 纲 （Dioecia）* Classis 23. 雌雄 雜 杂 株 綱 纲 （Polygamia）* Classis 24. [[ 隱 隐 花植物]]（Cryptogamia）

=== 礦 矿 物界 ===林奈的 礦 矿 物分 類 类 法很早就已 經 经 不使用了，在第10版的自然系 統 统 中，林奈 將礦 将矿 物界分 為 为 ：

* Classis 2. Mineræ（[[ 礦 矿 物]]和[[ 礦 矿 石]]）* Classis 3. Fossilia（[[化石]]和[[沉 積 积 物]]）