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本區土地多為天然林，占地58,300公頃，約為國家公園面積的76%<ref name="ch5">雪霸國家公園計畫（第二次通盤檢討），第五章</ref>。人工林占全區面積近18%，其餘為草生地、裸露地、河川地及農墾區。
本區之造林地多為日治時期及戰後的產物，分布於林區海拔700至2,800公尺之間。造林樹種以針葉樹占絕大部分，主要有 [[ 紅檜 ]] 、 [[ 台灣扁柏 ]] 、台灣雲杉、台灣杉、 [[ 台灣二葉松 ]] 、 [[ 台灣肖楠 ]] 、 [[ 柳杉 ]] 、杉木等，闊葉樹主要有台灣赤楊、櫸樹、竹類等<ref name="ch3"/><ref name="ch5"/>。農墾區主要分布在武陵農場、松柏農場及台7甲線兩側，主要種植蘋果、梨、水蜜桃、梅、李等溫帶果樹及高麗菜等農作物蔬菜。
天然林包括低海拔之闊葉林、中海拔之針闊葉混合林以及高海拔之針葉林<ref name="ch3"/><ref name="ch5"/>。常綠闊葉林主要分布於2,500公尺以下，組成種類較為複雜，大致可依1,500公尺雲霧帶分為以上的櫟林帶（Quercus Zone）及以下的楠櫧林帶（Achilus-Casstanopsis Zone），結構通常有三至四層。落葉闊葉林分布於1,000至2,500公尺之間，多出現於崩坍地或伐木後的岩礫地，主要樹種有台灣赤楊、台灣紅榨槭、尖葉槭、栓皮櫟、[[台灣胡桃]]、[[台灣檫樹]]等。針葉樹種則有[[台灣鐵杉]]、[[紅檜]]、[[台灣扁柏]]、[[台灣杉]]、[[巒大杉]]、[[台灣黃杉]]、[[台灣華山松]]、[[台灣二葉松]]等多種針葉樹。草本植物則常見[[五節芒]]或[[高山芒]]。