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1921年，[[瑪利諾外方傳教會|瑪利諾女修會]]開始在香港傳教。1925年，修會創辦瑪利諾修院學校，開始於[[尖沙咀]][[柯士甸道]]開課教授學生，當時只是一所[[幼稚園]]。1931年， 校舍遷至[[太子道]]。同年[[九龍塘]][[聖德肋撒堂]]成立 後 ，學校 有意搬到其附近，便於1933年開始興建管理層認為發展中的[[九龍塘]]區是瑪利諾修院學校的理想選址。[[窩打老道]] 及[[界限街]]交界 的新校舍 於1933年開始興建。 。校舍於1936年5月建成，主樓獲時任[[香港總督]][[郝德傑]]主持揭幕儀式。新校舍於1937年全面啟用，並提供[[幼稚園]]、[[小學]]、[[中學]]及[[預科]]教育。

2008年5月16日， 九龍塘 瑪利諾修院學校 今日 （ 小學部 五月十六日 ） 校舍（主樓 正式根據《古物 及 修院）成 古蹟條例》列 為[[香港 法定古蹟]]。<ref>{{cite web|url=https://www.info.gov.hk/gia/general/200805/16/P200805160108.htm|title=瑪利諾修院學校列為法定古蹟|publisher=政府新聞網|accessdate=20008 2008 年5月16日}}</ref>。

瑪利諾修院學校校園內有一棵約70年歷史、高20米以上的[[南洋杉]]，被稱為「鬼樹」，是當地的標誌物。該樹從2009年開始面臨被斬危機, 樹木專家詹志勇亦認為，該樹已有超過百分之五十的根部損壞，隨時會有倒塌危險。<ref>{{cite web|url=http://hkthe-sun.newson.yahoo.comcc/articlecnt/090721news/320100205/darr00407_040.html|title= 屹立 瑪利 諾修院學校南洋杉命運下午揭盎諾70年 鬼樹最快明問斬|publisher= 星島日報on.cc|accessdate=2010-02-0605}}</ref>，雖然政府曾為「鬼樹」擬定保育計劃，但校方的一次渠務工程挖掘渠道時，損壞該樹的主要支根，最終於2010年2月6日將該樹移除。不過，以朱茵為首的舊生代表對校方決定砍樹表示憤怒，並曾向校方發出律師信，唯未能阻止校方砍樹的決定。<ref>{{cite web|url=http://news.mingpao.com/20100205/goa1.htm|title=瑪利諾鬼樹難逃處斬 指挖渠損根部難存活 舊生擬阻砍樹|publisher=明報|accessdate=2010-02-05}}</ref>