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黴漿菌肺炎，目前仍然以抗生素治療為主，可使用紅黴素治療10-14天，治療後可以減輕病童的症狀及減緩病情，但卻無法改變傳染的能力，因此病童在治療中或治療後仍具有傳染力。另外病童在疾病過程中，會有疲倦、頭痛現象，因此要多休息，並補充適度的營養；如有較高的發燒時，也可以使用退燒藥及多補充水分。

病人最好避免使用冰枕或冰毯控制體溫，因為有時身體在對抗黴漿菌時的抗體在低溫下會引起紅血球凝集及溶血，使病童發生嚴重貧血。整個發病過程，尤其是咳嗽，可以持續數週之久。<ref>[https://www.cdc.gov.tw/Category/Page/IJdbbqfuYQG9IfiWaKk3yQ 支原體肺炎症 ]三軍總醫院</ref>