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在幼兒感染腸病毒後的5天內，家長與其他照顧者要特別注意病情變化，如果出現「嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力」、「肌躍型抽搐（無故驚嚇或突然間全身肌肉收縮）」、「持續嘔吐」與「呼吸急促或心跳加快」等腸病毒重症前兆，請務必立即送到大醫院，診所醫師如果發現腸病毒幼兒出現以上症狀，也請協助立即轉診大醫院。疾病管制署108年已指定77家腸病毒責任醫院，各縣市都有。

另外，有關重症患者的治療，目前國內已建立完善的治療準則，包含「腸病毒71型感染併發重症臨床處置建議(103年10月修訂)」、「新生兒腸病毒感染臨床處置建議(105年12月修訂)」及「急性無力脊髓炎治療建議(107年2月公布)」，必要時轉診治療。