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花3-7朵，倾斜或微下垂；苞片三全裂；花梗长2-7厘米；萼片黄绿色，长椭圆状卵形，长1.2-1.5厘米，宽6-8毫米，顶端微钝，疏被柔毛；花瓣瓣片与萼片同色，直立，倒卵形，比萼片稍长或稍短，顶端近截形，距直或微弯，长1.2-1.8厘米；雄蕊长达2厘米，伸出花外，花药长椭圆形，黄色；退化雄蕊白膜质，线状长椭圆形，长7-8毫米；心皮密被伸展的腺状柔毛，花柱比子房长或等长。蓇葖长1.5厘米；种子黑色，狭倒卵形，长约2毫米，具微凸起的纵棱。5-7月开花 <ref>[https://www.sjwz.cn/article/3374.html 耧斗菜什么时候开花？你见过耧斗菜的花朵吗？]，四季植物网，2018-08-21</ref> ，7-8月结果。开花会有蓝色、紫色或者是其他颜色的花朵，花药是黄色的，有药用的价值。

耧斗菜在生长期间需要及时摘心来控制植株的高度，在耧斗菜开花过后，可以将耧斗菜的残花剪掉，这样可以将耧斗菜当做是观叶植物在养护 <ref>[https://www.huaguozhijia.com/article-69803-1.html 耧斗菜的养殖办法和留意事项]，花果之家</ref> 。