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不僅如此，吉野櫻還面臨到外來種生物的威脅，讓許多日本的植病專家憂心忡忡。如果情況持續惡化，很有可能在20年後日本將無櫻可賞。這種外來種的昆蟲稱之為「首赤艷天牛」，原產於 [[ 中國 ]] 、 [[ 越南 ]] 北部、 [[ 朝鮮半島 ]] 與 [[ 蒙古 ]] 等地，因跟隨著進口木材等途徑，入侵非產地的日本境內。[[首赤艷天牛]]的成蟲壽命約2個月，每次產卵高達1,000顆，是日本原生種天牛的10倍，因此繁殖力超強，在日本也幾乎沒有天敵。由於首赤艷天牛會將卵產在薔薇科木本植物的表面（如櫻、桃、梅、蘋果等），幼蟲孵化後再鑽到樹幹的木質部生活1至3年，並隨著導管逐漸啃食樹幹，宛如環狀剝皮一般，最後導致樹木無法吸收水分而枯死。

File:吉野櫻01.jpg|缩略图|或許最近的幾年後，將再也看不到染井吉野櫻了？圖為東京的千鳥淵。 攝影／陳威臣[https://global.udn.com/global_vision/story/8664/3721430]File:吉野櫻02.jpg|缩略图|漫步在櫻吹雪的街道上，體驗日本人的賞櫻生活。圖為東京品川的中央公園賞櫻。 攝影／陳威臣[https://global.udn.com/global_vision/story/8664/3721430]File:吉野櫻03.jpg|缩略图|圖為罹患天狗巢病的病株，大量的綠葉與櫻花同時出現。 圖／日本花の会[https://global.udn.com/global_vision/story/8664/3721430]File:吉野櫻04.jpg|缩略图|天狗巢病會導致枝條節尖變短，發芽處過度分枝與徒長，樹葉過度增生但卻縮小且軟弱。 圖／日本花の会[https://global.udn.com/global_vision/story/8664/3721430]File:吉野櫻05.jpg|缩略图|埼玉縣幸手市的權現堂公園，這裡的櫻花樹是在1949年之後陸續種植，樹齡都超過60年以上。 圖／県営権現堂公園[https://global.udn.com/global_vision/story/8664/3721430]File:吉野櫻06.jpg|缩略图|人工育種的染井吉野櫻壽命僅60至80年。圖為賞櫻名所：和歌山紀三井寺的櫻花。 攝影／陳威臣[https://global.udn.com/global_vision/story/8664/3721430]File:吉野櫻07.jpg|缩略图|若要替換所有吉野櫻，費用相當可觀。圖為東京的千鳥淵。 圖／路透社[https://global.udn.com/global_vision/story/8664/3721430]File:吉野櫻08.jpg|缩略图|為了解決日本列島的櫻花危機，部分地方政府開始展開對策。圖為東京飛鳥山與東北新幹線附近的櫻花景色。 攝影／陳威臣[https://global.udn.com/global_vision/story/8664/3721430]File:吉野櫻09.jpg|缩略图|日本花之會提出新方案，將染井吉野櫻替換成新品種「神代曙」。圖為神代植物公園裡的神代曙櫻花。 圖／神代植物公園[https://global.udn.com/global_vision/story/8664/3721430]File:吉野櫻10.jpg|缩略图|圖為神代植物公園裡的神代曙櫻花。神代曙的花型與色澤與染井吉野櫻類似，而且花期也雷同，更重要的是有極強抗病性，不易罹患天狗巢病 圖／神代植物公園[https://global.udn.com/global_vision/story/8664/3721430]File:吉野櫻11.jpg|缩略图|期盼遊客公德心自律，才能解救這些美麗櫻花、免於消亡的命運。 圖／歐新社[https://global.udn.com/global_vision/story/8664/3721430]