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所得到的顯微圖像能夠分辨出單個原子。在低偏差的情況下，顯微圖像顯示的是對相近能級的電子軌道的一種空間平均後的尺寸，這些相近的能級也就是費米能中的局部態密度。當原子失去一個電子時，該原子就被電離了。這一個多餘的電荷就使其在磁場中運行的軌跡發生偏折。這個偏轉角度是由原子的質量所決定的。質譜儀就利用了這個