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《神鬼疑云》 (The Bourne Supremacy)是神鬼认证系列小说的第二本小说，美国惊悚小说之父劳勃·勒德伦写下的杰森·包恩系列第二本小说，前集是《神鬼认证》 (The Bourne Identity)，而后集则是《神鬼通牒[1] 》 (The Bourne Ultimatum)。
《神鬼疑云》在2004年的时候已经被翻拍成了电影，《神鬼认证：神鬼疑云》由保罗·葛林葛瑞斯执导，麦特·戴蒙主演，逃亡英雄杰森·包恩再度现身大银幕上。
内容
九龙的一间酒店发生血腥命案，死者五人中赫见中华人民共和国副总理，署名行凶者竟是杰森·包恩！可是真正的包恩人远在千里之外的波士顿，参加学术性的演讨会，于是，更大的疑云再等著包恩揭发。
华府根据情报得知是一名杀手自称杰森·包恩，他的雇主是中共新兴势力沈昭阳，这名官员表面为信仰共产主义，私下却与资本主义国家接触，若是提前发生动乱，很有可能导致中国提早在中英协定前接收香港，华府为了发生此种情形，特别与MI6合作，为的要召唤真正的杰森·包恩回来，于是绑架了包恩的妻子玛莉，几近崩溃的包恩立刻前往香港，寻找玛莉。
玛莉在知道真相后，急于找到韦伯/包恩，于是他先是装病逃出医院后，找到了他在加拿大领事馆的朋友，在她的保护下暂时安全，另一方面，包恩一直透过少数的线索企图追寻杰森·包恩，因为他必须拿这冒牌货去换回他最亲爱的妻子，后来他遇上了梅杜莎时期的老战友菲力普·戴仇(代号Echo，回声)，原来冒牌货是由戴仇所挑中，但他却背叛了戴仇，戴仇最后与包恩合作，要找到冒牌的杰森·包恩以免更多的事情发生。
前言
在前一集当中，男主角杰森·包恩得到了失忆症。在寻找记忆的途中，他遇到了一名加拿大经济学家玛莉·圣雅各，并且靠著她的帮助逐渐找回自己的记忆。原来杰森·包恩是美国政府越战时期机密计画“梅杜莎”的菁英，在越战结束后，被征召参加CIA底下踏脚石七一计画，代号为“肯恩”任务是引诱欧洲第一杀手卡洛斯出现，最后两人的对决，卡洛斯身负重伤逃走了，包恩同样身受重伤，但是最后仍被救活。
在神鬼疑云当中，包恩逐渐能够对于他的记忆伤痛能够应变自如。包恩并且使用他的真名大卫·韦伯在缅因州一所大学担任语言学系教授，韦伯也与他的爱人玛莉快乐的住在一起，韦伯并且定时接受他的心理医师莫瑞·潘诺夫 (Morris Panov)的治疗，他也在美国政府的隐密的保护之下。