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湖南省药学会成立于1954年5月，第一届理事长为着名药理学家叶雨文教授。目前为第十五届，现任理事长为我国着名的医院药学专家李焕德教授。

1954年至1990年为中国药学会湖南分会，1990年10月由湖南省民政局核准登记为社团法人，更名为湖南省药学会。经过60多年的发展，湖南省药学会已由当时会员数十人，发展到现有个人会员8000余人，团体会员15个。

1987年，我国着名医院药学专家许树梧教授出任第八届理事长，此期间由于药学事业的快速发展，药学人员对学术研究及学术活动的要求日益强烈，为了适应此种要求，湖南省药学会先后成立了医院药学、药物分析、中药天然药物、制药工程、药理学、药事管理等六个专业委员会。

2002年，我国着名遗传药理学专家周宏灏院士出任第十一届理事长，2008～2016年，周宏灏院士连任第十二、十三届理事长。此期间，他带领学会建章立制、开拓工作、交流学术、培养人才，学会工作逐步规范化。此期间举办了多种学术活动，特别是承办了在长沙召开的“2009年中国药学大会暨第九届中国药师周”，受到中国药学会好评。2011年在周院士倡导下成立了湖南省药学会药物基因组学专业委员会。2016年成立了药剂学专业委员会和药物化学专业委员会。

2016年，荣获“国之名医·卓越建树”荣誉称号的李焕德教授出任第十四届理事长，在本届全体理事的共同努力下，学会的各项工作都取得了创新发展，三次评为湖南省科协优秀基层党支部。2018、2019年在李焕德理事长的倡导下成立了基层药学、药物临床评价与研究、药房装备与信息技术、药学教育四个专业委员会。

从2018年开始，为促进我省医药科技和产业发展，搭建学术交流平台，湖南省药学会开始举办湖南药学大会，每年一届。

2020年，面对突如其来的新冠疫情，湖南省药学会积极响应习近平总书记“疫情就是命令”的号召，组织专家团队和广大会员在编辑抗疫书籍、科普宣传、保障药品供应、助力复工复产等方面做了大量工作，并且有6位会员支援武汉，多次受到中国科协和省科协通报表扬。

2020年11月，湖南省药学会召开了第十五次全省会员代表大会，选举产生了第十五届理事会和监事会，李焕德教授当选理事长，李湘斌教授当选监事长。