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→河道淤積的主要威脅之一
運河地處眾多自然河流之中，當地農民普遍採用刀耕火種的農業技術，即通過砍伐和燃燒森林來開拓農業用地。
這種落後的技術造成了森林退化和水土流失，大量的泥沙被河流衝走，最後沈積在較為平坦的巴拿馬運河當中。因此，運河管理局不得不使用大量的清淤船來清除航道內的淤泥，產生了巨大的管理費。<ref>[http://tw.classf0001.uschoolnet.com/css000000085120/cm7kfile-1238065778-86-6688.pdf 國立臺灣海洋大學運輸與航海科學系- 擴建計劃與未來展望]</ref>
===自然災害帶來挑戰===