秦汉以后设太医令，为掌管医疗；隋唐设太医署 <ref>[http://www.todayonhistory.com/lishi/201511/24766.html 由太医院判吴谦总修而成的《医宗金鉴》]，历史上的今天，2015-11-16</ref> ；宋代设翰林医官院、元丰改制为医官局，设和安大夫、成和大夫、翰林医官；辽国北面官设太医局，南面官设提举翰林医官；金代改太医局为“太医院”，长官为提点；明清相沿，长官称为院使，其下辖御医、吏目、医士等数十人，分为大方脉、小方脉、伤寒、妇人、针灸、口齿等科，主要为宫廷服务，并需分班处理紧急医痛，是为宫直，清代又于其中设教习厅，以培养宫廷医务人员；1910年代，清朝灭亡后，该机构废除。

清代太医院承袭于明代，隶属于礼部，除明代太医院治则外，清代太医院还负责医书修撰。由太医院判吴谦总修而成的《医宗金鉴》 <ref>[http://www.guoxuedashi.com/a/21865v/274621p.html 《医宗金鉴》简介]，国学大师</ref> 一书，自乾隆时作为医学教科书以后，一直到清末沿用了160多年，这对于医学教育发挥了重要作用。