考试制度方面，同治五年(1866)，改设医学馆后，改太医院旧制四季考为二季考。即在仲春、仲秋为之。凡交月课之医士、恩粮生、肄业生统由堂官面考二艺。正式考题多本《医宗金鉴》、《伤寒论》、《金匮要略》，间用《内经》、《难经》。每到寅、申年，太医院院使、院判会同礼部堂官共同主持会考。除御医免考外，所有吏目以下各员生均一律参加会考。会考时备卷受卷均由收掌官批阅，由教习评定等第，由太医院堂官封送礼部复勘后，太医院拆封咨行，吏部和礼部注册。遇有上一级空缺，太医院咨行吏礼查核后，奏咨补用。考取一二等者，如无处分事故，按名挨次拟补；三等者，照旧供职，暂停升转；四等者，罚停会考一次；不列等者，革职留院效力，下届仍准入考。此外，太医院在光绪三十四年奏设的新医学馆，其考试规程和学部奏定中学堂考试章程相同，清朝中医考试规程之严密，值得当今借鉴。