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蛋白酶（英语：protease）是生物体内的一类酶（酵素），它们能够分解蛋白质。分解方法是打断那些将氨基酸连结成多肽链的肽键。

蛋白酶是重要的工业酶，占全球总酶销售量约六成，其中七成用于工业用途的蛋白酶用于食品发酵等方面，例如酸性蛋白酶用于传统发酵食品和调味品的生产及催化酪蛋白沉淀；中性蛋白酶因能够去除水解产物的苦味而令酱油脱苦；碱性蛋白酶应用于食品烘烤等方面，因为能够有效提高生面团的延性和韧性，并且增强面包的起泡性。

蛋白酶的分类及作用位点参考下表：

蛋白酶	分类	作用位点	已知抑制物
氨基肽酶	金属蛋白酶	带有自由氨基的L-氨基酸氨基末端；不能分解由X-Pro、·D或·Q组成的肽键	2，2，双吡啶，1．1()-菲咯啉
菠萝蛋白酶	巯基蛋白酶	无特异性	α2巨球蛋白，TPCK，TLCK，烷化
羧肽酶A	锌金属蛋白酶	带有自由氨基酸的L—氨基酸羧基端；不能分解R、P或羟脯氨酸	EDTA，EGTA
羧肽酶B	锌金属蛋白酶	K，R羧基端	EDTA，EGTA，碱性氨基酸
羧肽酶Y	丝氨酸羧肽酶	氨基酸羧基端	PMSF
组织蛋白酶C	琉基蛋白酶	氨基端双肽，可通过K，R或P氨基端作为第二或第三个氨基酸封闭	醋酸碘，  甲醛
胰凝乳蛋白酶	丝氨酸蛋白酶	在F，T或Y之后	抑肽酶，PMSF，TPCK，α—巨球蛋白
胶原酶	金属蛋白酶	在P-X-G-P肽链中X之后	EDTA，EGTA，还原剂，但无血清存在
dispase	金属蛋白酶	无特异性	EDTA，EGTA，Hg2+，重金属
内肽酶Arg-C	丝氨酸蛋白酶	在R之后	α巨球蛋白，TLCK
内肽酶Asp-N	金属蛋白酶	在D和半胱氨酸之前	EDTA，α菲咯啉
内肽酶Glu-C	丝氨酸蛋白酶	在E或D之后	α巨球蛋白，TLCK
内肽酶Lys-C	丝氨酸蛋白酶	在K之后	TLCK，抑肽酶，抑蛋白酶醛肽
肠激酶	丝氨酸蛋白酶	在D-D-D-D-K-肽链中K之后
Xa因子	丝氨酸蛋白酶	在R之后	PMSF，APMSF，大豆胰蛋白酶抑制物
无花果蛋白酶	琉基蛋白酶	无特异性	TPCK，TLCK，α-巨球蛋白
激肽释放酶	丝氨酸蛋白酶	在一些R之后	抑肽酶，抑蛋白酶醛肽
木瓜蛋白酶	巯基蛋白酶	长期孵育时具有广泛特异性	TPCK，TLCK，抑蛋白酶醛肽α—巨球蛋白，烷化剂
胃蛋白酶	酸蛋白酶	广泛特异性	胃蛋白酶抑制素
纤溶酶	丝氨酸蛋白酶	在K或R之后	PMSF，TLCK，抑肽酶，α—巨球蛋白
链霉蛋白酶	混合型	无特异性	B．M．完整药片
蛋白酶K	丝氨酸蛋白酶	广泛特异性	PMSF，PefablocSc
枯草杆菌蛋白酶	丝氨酸蛋白酶	无特异性	PMSF，α巨球蛋白，苯甲脒
热溶素	锌金属蛋白酶	在非极性残基之前	EDTA
凝血酶	丝氨酸蛋白酶	在K之后	TLCK，PMSF，抑蛋白酶醛肽
			抑肽酶，α巨球蛋白，苯甲脒
胰蛋白酶	丝氨酸蛋白酶	在K或R之后	TLCK，PMSF，抑蛋白酶醛肽抑肽酶，α巨球蛋白

主要用途

蛋白酶还可用于蚕丝脱胶、肉类嫩化、酒类澄清。临床上可作药用，如用胃蛋白酶治疗消化不良，用酸性蛋白酶治疗支气管炎，用惮性蛋白酶治疗脉管炎以及用胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶对外科化脓性创口的净化及胸腔间浆膜粘连的治疗。加酶洗衣粉是洗涤剂中的新产品，含碱性蛋白酶，能去除衣物上的血渍和蛋白污物，但使用时注意不要接触皮肤，以免损伤皮肤表面的蛋白质，引起皮疹、湿疹等过敏现象。

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