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同源性进化过程中源于同一祖先的分支之间的关系。在进化上或个体发育上的共同来源而呈现的本质上的相似性，但其功能不一定相同。^[1]

特性

同源性是比较生物学中的一个中心概念。同源，最基本的意义就是具有共同祖先。一般来说，如果两个物种中有两个性状（状态）满足以下两个条件中的任意一个，就可以称这两个性状为一对同源性状：（1）它们与这些物种的祖先类群中所发现的某个性状相同；（2）它们是具有祖先—后裔关系的不同性状。

由于进化上或个体发育上的共同来源而呈现的本质上的相似性，但其功能不一定相同，如狗的前肢和鸟的翅。从分子水平讲则是指两个核酸分子的核苷酸序列或两个蛋白质分子的氨基酸序列间的相似程度。虽然同源性须通过序列测定来检验，但是DNA-DNA或DNA-RNA杂交可提供有价值的估计。

同源性（homology）是指在分子进化研究中，同源性一般是指两种核酸分子的核苷酸序列之间或两种蛋白质分子的氨基酸序列之间的相似程度。序列分析是最终测定同源性程度的方法，DNA—DNA杂交或DNA—RNA杂交也是有用的估计途径。^[2]

构建系统发育树过程中一定要将同源性和相似性区分开。

“同源”意味着两类群或两序列是来自同一个祖先的后代，在序列联配时（Alignment）同源位点的碱基相同是因为遗传关系所导致的。

然而，“相似性”仅仅是反映出部分位点的性状状态是相同的。如，两条非同源序列也可以进行联配，有些部位的碱基也会完全相同（这就是为什么我们在网上blast自己手中的基因序列时，其结果中往往会出现一些匹配度很高的其它基因），但这种碱基相同并不是由于同一个祖先遗传的结果。

显然，无论两条序列有多么相似，把两个非同源的序列放在同一棵树上是没有意义的（因建树的目的就是显示源自共同祖先的遗传演化过程）。

目前，在一些发表的论文中也会出现包含非同源序列的系统树，如一组蛋白酶因具有相似的催化属性和反应机制，而被赋予相同的名称并不罕见，随后它们会被置于同一棵系统树中，而不管其是否同源。