贞观十七年（643年），太子李承乾以谋害魏王李泰之罪被废，太宗欲立 [[ 李泰 ]] ，而褚遂良与国舅长[[孙无忌]]则极力说服太宗立第九子晋王[[李治]]为皇太子（即唐高宗）。<ref>《资治通鉴》卷一百九十七：太子承乾既获罪，魏王泰日入侍奉，上面许立为太子，岑文本、刘洎亦劝之；长孙无忌固请立晋王治。上谓侍臣曰："昨青雀投我怀云：'臣今日始得为陛下子，乃更生之日也。臣有一子，臣死之日，当为陛下杀之，传位晋王。'人谁不爱其子，朕见其如此，甚怜之。"谏议大夫褚遂良曰："陛下言大失。愿审思，勿误也！安有陛下万岁后，魏王据天下，肯杀其爱子，传位晋王者乎！陛下日者既立承乾为太子，复宠魏王，礼秩过于承乾，以成今日之祸。前事不远，足以为鉴。陛下今立魏王，愿先措置晋王，始得安全耳。"上流涕曰："我不能尔！"因起，入宫。……承乾既废，上御两仪殿，群臣俱出，独留长孙无忌、房玄龄、李世勣、褚遂良，谓曰："我三子一弟，所为如是，我心诚无聊赖！"因自投于床，无忌等争前扶抱；上又抽佩刀欲自刺，遂良夺刀以授晋王治。无忌等请上所欲，上曰："我欲立晋王。"无忌曰："谨奉诏；有异议者，臣请斩之！"上谓治曰："汝舅许汝矣，宜拜谢。"治因拜之。上谓无忌等曰："公等已同我意，未知外议何如？"对曰："晋王仁孝，天下属心久矣，乞陛下试召问百官，有不同者，臣负陛下万死。"上乃御太极殿，召文武六品以上，谓曰："承乾悖逆，泰亦凶险，皆不可立。朕欲选诸子为嗣，谁可者？卿辈明言之。"众皆欢呼曰："晋王仁孝，当为嗣。"上悦，是日，泰从百馀骑至永安门；敕门司尽辟其骑，引泰入肃章门，幽于北苑。丙戌，诏立晋王治为皇太子，御承天门楼，赦天下，酺三日。</ref>

贞观十八年（644年），褚遂良以 [[ 黄门侍郎 ]] 的身份开始参预朝政决策。随后，他被皇帝派往全国各地，巡察四方，直接可以黜陟官吏。<br>当时，高句丽大臣 [[ 渊盖苏文 ]] 杀死了唐朝所册封的国王 [[ 高建武 ]] ，唐太宗想以此为借口亲自去征讨高句丽，此事遭到了褚遂良的反对，但是太宗没有采纳。后来渊盖苏文派人进贡白金，褚遂良引用 [[ 臧哀伯 ]] 谏纳 [[ 郜鼎 ]] 的故事来进谏，太宗遂拒绝领受白金，将高句丽使者下狱。 <ref>《旧唐书·卷二十四》 ．国学导航</ref>

贞观二十一年（647年），褚遂良的父亲褚亮去世，他不得不暂时回乡守孝。贞观二十二年（648年），褚遂良又被起用为黄门侍郎。同年九月，被提升为中书令，成为继魏徵之后，与 [[ 刘洎 ]] 、 [[ 岑文本 ]] 、 [[ 马周 ]] 、 [[ 长孙无忌 ]] 一样在唐代政坛上起着举足轻重作用的大臣。