'''水利水运工程教育部重点实验室'''以河海学院的水利水运实验中心与校属二级研究机构（西南水运工程科学研究所）组建而成，是我国主要的水利水运工程科学研究和人才培养基地之一。河海学院水利水运实验中心是交通部“七五”期间重点投资的专业实验室。西南水运工程科学研究所是交通部在西南地区设立的唯一大型水运科研所，1986年并入重庆交通大学。2000年水利水运工程实验室被评为重庆市重点实验室，2007年被列为省部共建教育部重点实验室。