西元2003年5月17日因[[SARS]]疫情自行請辭。 而後，前[[台灣醫界聯盟基金會|臺灣醫界聯盟基金會]]辦公室主任高志文出版書籍《恐慌，在政治瘟疫蔓延時》內容指出，涂醒哲及接任他的[[陳建仁]]兩位對抗SARS的觀念正確，尤其是他們被[[臺灣媒體]]及[[臺北市政府]]批評的地方大多是他們做對的事<ref>[http://www.books.com.tw/exep/prod/booksfile.php?item=0010243067 恐慌，在政治瘟疫蔓延時]</ref>。例如： 涂醒哲堅持不要 隨便 把SARS訂為法定傳染病，因為原先的防疫手段只要確實執行，就足以阻止SARS ；訂為法定傳染病後 ， 醫療系統反而會因通報過多疑似SARS的病患 以 避免 犯法，造成 不必要的恐慌， 並且讓整個 醫療系統 嚴重 超載。