1938年，她到唐县、曲阳交界的山区牛眼沟和北宋村设立了两个诊所，建起了一个乡间澡堂和一个婴儿卫生室。她还向当地妇女宣传卫生知识、创办夜校、免费给农民发放食品。期间，目睹了日军烧杀抢掠的罪行，毅然投身抗日行列，经常奔波于炮火连天的战场，为抗日伤员治伤，并以诊所做掩护转移救治抗日干部。后与白求恩相识，结为挚友。她利用持有英国护照的便利条件，去北平（今北京）为八路军购买药品、器械及一些军用物资，并以宗教为掩护，宣传抗日形势，动员知识分子和医务人员到晋察冀边区来。仅1938年至1939年间，她就以中华圣公会的名义，冒着极大的危险出入日军-线，为边区购买药品、运送物资30多次，动员70多人来边区工作。她的举动，使侵华日军恨之入骨，于1939年7月烧毁其诊所。何明清辗转数地，因日军缉拿，只得归国。回国后，继续从事和平运动与新中友好工作。

　　1960年，她受中国国务院总理周恩来之邀到北京参加国庆典礼。她十分想到牛眼沟和北宋村看一看，由于各种原因未能成行。1970年何明清去世，其骨灰一部分葬于曲阳烈士陵园，一部分撒在北宋村莲花山。

　　1990年，聂荣臻元帅为何明清题词：“救死扶伤，支援抗战，忘我献身，青史永存。”为纪念何明清女士，2001年由新西兰新中友好协会和工合国际组织等共同发起并捐助的何明清诊所在北宋村正式落成。