耀斑会影响到太阳所有的[[大气层]]（光球、色球和日冕）。当[[等离子体]]物质被加热至数千万K的温度时，[[电子]]、[[质子]]和更重的离子都会被加速至接近光速。它们产生电磁频谱中所有波长的电磁辐射，从无线电波到伽马射线 <ref>[https://www.sohu.com/a/139387617_616747 7个有关伽马射线的惊人事实 ]，搜狐，2017-05-09 </ref> ，然而绝大部分的能量都在可见光范围之外，因此绝大多数的耀斑都是肉眼看不见的，必须要用不同的仪器观测不同的频率。耀斑发生在围绕着太阳[[黑子]]的活能层，强烈的磁场从那儿穿透光球联接日冕和太阳内部的[[磁场]]。耀斑会突然（时间的尺度在几分钟至几十分钟）释放储藏在日冕中的磁场能量；日冕物质抛射（CME）也可以释放出相等的能量，但是这两者之间的关系尚不明确。

耀斑发生时会加速带电粒子，主要是[[电子]]与等离子体物质进行相互作用 <ref>[https://www.sohu.com/a/399460888_120688315 三年来最强！太阳突然爆发巨大耀斑，网友：会断网吗？ ]，搜狐，2020-06-03 </ref> 。[[科学]]研究表明是磁重联的现象负责带电粒子的加速。在太阳，磁重联可能发在太阳拱圈 －一系列密接的磁场线循环。这些快速重新连结成回路的磁场线进入低处，拱圈其余未重联的磁力线缠绕着呈现螺旋状的结构。这些重联结时突然释放的能量是粒子被加速的源头。未重联且缠绕在周围的磁场线和它所包含的[[物质]]可能会猛烈的 向外扩张，形成日冕物质抛射。这也解释了为什么耀斑的爆发通常都在磁场较为强烈，也比平均活跃的活能层。