宋代修治加快，重点在解决淮河所带来的风险问题，进入邗沟工程修筑至运输管理的鼎盛时期。经过修建，这段运河的堤身用巨石修了十个滚水堰，堤上植树，还陆续在堤身开水闸及石[[涵洞]]，引水灌堤东农田。北宋末年[[运河]]堤已普遍修筑，堤上大量修筑漏池闸，控制蓄泄，河堤上已有斗门、水闸79座，其数量不下于[[明清]]两代。南宋由于金人多次南侵，这段运河骤然衰落。至元代这段运河虽较残破，但对后期拓展大运河还是有利用价值的。