和EF60型电力机车基本番台一样，EF61型电力机车基本番台出厂时均采用国铁传统的[[茶色]]涂装（葡萄色2号）。1965年，日本国铁修订了铁路车辆涂装规定，要求所有新型直流电力机车统一采用标准色涂装，车体部分采用[[蓝色]]（青15号），车头正面下半部采用奶黄色（奶油1号）。