[[陳水扁]]當選總統，台灣遭遇第一次的政黨輪替，台灣教授協會將關注焦點置於「兩岸關係」上。協會認爲，三組候選人的立場皆與中國所主張的「一個中國三段論」有差距，最後又以距離最遠的陳呂配當選，此爲大大拉開了兩岸關係的空間 。<br>此時期的協會時常拜會政府官員，例如[[陳水扁]]、[[杜正勝]]、[[吳釗燮]]等等。與政府關係較為密切。2006年後，協會會員對本土政權的心情，從先前的熱烈期待轉為失望，因此，由執政團隊退下來的、時任會長蔡丁貴也將台教會定位為重新回歸實踐、執行台灣獨立建國的核心理念<br>教育改革上，協會於2001年6月16日發表〈立即撤換教育部長曾志朗〉聲明，主張新政府在教育改革方面不進反退，認爲應撤換曾志朗部長，因其刪除「認識臺灣」課程，忽視本土教育，教改推動不力等…。2002年9月，協會聯合[[台灣北社]]、[[台灣筆會]]、[[台灣東社]]、[[台灣中社]]共同發表〈請爲臺灣學教育留活路〉聲明，主張政府應積極推動臺灣學教育、規劃正規課程師資，並在大專院校設立「臺灣學」相關系所。2003年7月，協會發表〈他們要歡迎教育惡勢力班師回朝〉聲明，試圖抵抗當時保守派學者爲打擊教改所提出的「教育重建宣言」，台灣教授協會認爲教改本質上是正確的，雖然在技術執行層面不甚滿意，但仍希望保守派學者能夠以學理來進行探討、辯論，以求國家教育改革之事能夠更趨於完善 。