協會也關注媒體議題，首先是退報運動。1992年10月30日聯合報的頭版標題刊出：「[[李瑞環]]：大陸不惜中止經建阻止台灣獨立。接待亞太報刊研討會代表指出，大陸將用『任何方法』維護國家領土完整，即使『犧牲流血、前仆後繼』也在所不惜。」但事實上並未有此發言。因此台灣教授協會與具有本土意識與自由主義色彩的多個團體，在多次與聯合報抗議未果的情況下，於1992年11月23日發起「退報救台灣運動」，呼籲社會各界聯合抵制，做到拒買或退訂《聯合報》。協會更在1995年5月舉辦了「媒體全面改造，黨政軍退出三台」大遊行，由於老三台（台視、中視、華視）的經營權由國民黨、國民黨政府與國軍所掌控，在民主化後，可能使得媒體難以成為中立的第四權，加上自由化的思潮，因此在解嚴後逐漸出現黨政軍退出三台的呼聲。而協會也透過「黨政軍退出三台運動」的聲明，要求政府，一、黨政軍釋股，股權大眾化。二、翻修廣電法，成立監委會。

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==陳水扁政府==

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