我院的科学研究水平多年来一直居于国内临床研究领先地位，从1978年至2013年，累计获得国家级、部（市）级、校级奖励360项，其中包括国家科技进步奖、教育部高等学校科学研究优秀成果奖、中华医学科技奖等；从1982年至2013年，累计发表论文总数20054篇，获批国家级、部（市）级、校级课题1539项，获批经费近6亿元。2009～2012年间，国际论文被引用全国医疗机构排名，被引位次最高名列第3名；2003～2012年国际论文累计被引用篇数名列第9名，被引篇数1326篇，被引次数9554次。2002～2013年SCI收录论文数1382篇，收录总数1825篇，其中部分发表在包括New Engl J Med、Lancet、Blood、Am J Hum Genet等国际期刊上。