土壤中的自养细菌和含有[[叶绿素]]的藻类和[[蓝藻]]，通过光合作用，可以把无机元素和简单化合物转化为有机质，并进一步合成为原生质。异养生物如异养细菌、真菌等都是直接或间接从自养生物取得有机物的，它们分解并吸收自养生物的原生质合成为新的有机物;而在分解过程中所放[[二氧化碳]]和有机或无机酸又直接作用于矿物质。土壤动物则以微生物或植物为食，死后又为微生物所分解，从而又丰富了土壤的有机质。植物[[根]]的生长能改善土壤条件，死后分解也增加了土壤的有机质。影响成土作用的因素很多，而且是相互制约的，这里列举的只是一些生物学因素。