治療黴漿菌肺炎簡單直接的方式就是使用紅黴素，但是過去在台灣曾經引起醫師間的軒然大波，根據早期台灣數據資料顯示，只有10到14％的病人對紅黴素有抗藥性，但近期臺灣竟然有高達7成的病人對於治療第一線抗生素紅黴素已產生抗藥性，對第二線抗生素（巨環黴素）有12到23％左右的抗藥性。這是不容忽視的問題。早在第二次世界大界期間，抗生素就已經問世了。隨著時間的轉變，抗生素現今唾手可得，帶給人們數不盡的好處，但相對菌種也會產生抗藥性，使得 病況較嚴重的 患者不容易治癒 或癒後不佳 。