其創建年代不詳，首次在文獻中提及是在1292年。原來這是一座天主教堂，宗教改革後成為新教教堂。
聖馬利亞教堂是柏林-勃蘭登堡-西里西亞上盧薩蒂亞福音教會的主教座堂，和柏林大教堂聯合監督福音教會的所有成員。
聖馬利亞教堂和尼古拉教堂是柏林最古老的教堂。教堂最古老的部分用花崗岩建造，但是大部分使用磚，使之呈現明亮的紅色，並為臨近的紅色市政廳所模仿。二戰期間受到盟軍空襲的重創。戰後該教堂位於東柏林，在1950年代被東德政府修復。
二戰以前，聖馬利亞教堂地處稠密的居民區中，戰後，廢墟清理後，教堂位於亞歷山大廣場附近的一片開闊地，在柏林電視塔腳下。
教堂外豎有馬丁·路德的雕像。
