共掌长安
初平三年(192年)，在董卓与牛辅被杀之后，樊稠响应李傕号召率军攻入长安，杀王允，逼走吕布，与李傕等人掌管朝政，被封为中郎将。兴平元年(194年)，马腾军攻来，被李傕派往战于长平观下，胜利，杀万馀人。同年又破冯翊等羌贼。升为右将军，联同李傕、郭汜被绶与官员提拔权利，与三公同级，合称为六府。
李傕猜忌
在战马腾时樊稠因李傕侄儿李利不尽力应战而作训斥，李利因此怀抱在心，向李傕诬告樊稠私通韩遂。李傕亦因樊稠势力庞大而忌惮非常。兴平二年(195年)，樊稠向李傕索兵，被李傕把握此机会以会议名义引樊稠到军中杀害。