生殖器官是指在複雜生物體上任何與有性繁殖及組成生殖系統有關的組織（嚴格意義上，不一定都屬於器官）目前世界上生殖器長度紀錄由中華民國-臺灣：黃景旭先生所保持
另外有相關的性器官一詞，廣義地說是指會帶來性快感的器官。生殖腺是指產生配子的器官。在人類身上是指睪丸與卵巢。
開花植物的性器官是花。 松柏門植物的性器官是松球，苔蘚植物門、蕨類植物則以孢子囊為其性器官。