檢視基因本體的原始碼

{| class="wikitable" style="float:right; margin: -10px 0px 10px 20px; text-align:left"
! <p style="background:	#D6A4AB; color: #000000; margin:auto; padding:5px 0; "> '''基因本体''' </p>
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|<center><img src="https://www.itsfun.com.tw/images/bb/f7/nBnauETO5UGNhVmMkJWNmZ2NjZWMwQ3Lt92Yuc2cthWcuw2cz5SMw9yL6MHc0RHa.jpg" width="280"></center><small>[https://www.itsfun.com.tw/%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E6%9C%AC%E9%AB%94/wiki-4365525-1149205 圖片來自itsfun]
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'''基因本体'''论（'''Gene ontology''' ，'''GO'''）是一种系统地对物种基因及其产物属性进行注释的方法和过程<ref>{{Cite journal|title=The Gene Ontology project in 2008|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2238979/|date=2008-1|journal=Nucleic Acids Research|issue=Database issue|doi=10.1093/nar/gkm883|volume=36|pages=D440–D444|issn=0305-1048|pmc=2238979|pmid=17984083}}</ref>。它的目标是：1）维护和发展有限的基因及其产物属性描述的词汇；2）注释基因及其产物，同化和传播注释数据；3）提供方便的工具访问数据；4）实现在实验数据的基础上，使用GO进行程式解析，例如基因富集组分分析。它主要包括三个分支：細胞組件、分子功能和生物過程。

==介紹==
基因本体论也是一个更大的系统分类项目的一部分，这个项目是开放生物医学系统注释（Open Biomedical Ontologies (OBO））<ref>{{Cite journal|title=The OBO Foundry: coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2814061/|last=Smith|first=Barry|last2=Ashburner|first2=Michael|date=2007-11|journal=Nature biotechnology|issue=11|doi=10.1038/nbt1346|volume=25|pages=1251|issn=1087-0156|pmc=2814061|pmid=17989687|last3=Rosse|first3=Cornelius|last4=Bard|first4=Jonathan|last5=Bug|first5=William|last6=Ceusters|first6=Werner|last7=Goldberg|first7=Louis J|last8=Eilbeck|first8=Karen|last9=Ireland|first9=Amelia|access-date=2018-08-06|archive-date=2020-06-23|archive-url=https://web.archive.org/web/20200623192927/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2814061/|dead-url=no}}</ref>。

与基因命名法不同，除了维护和控制发展基因及其产物性质描述的词汇，基因本体论也致力于使用[[机器学习]]可以理解的标记语言来进行基因标注，这样统一所有物种的基因注释（而基因命名法注释会根据不同的生物系统分类而有不同的注释）。

随着生物技术的发展越来越快，人们得到的数据越来越多。需要寻找一种方法来组织整理这些信息。基因本体论提供了一个省时省力的解决方案，基因产物在数据库中被赋上GO的词条，进而科学家们可以到数据库中去查询这些生物学的相关信息。基因本体是一个[[有向无环图]]（DAG）型的本体。目前，GO中使用了is_a、part_of和regulates三种关系。

==概念==
实际上，[[本体论]]是指对所知知识加以阐述的方法，对可勘察到的事物及其相互联系进行描述。在生物信息领域， 搜寻信息的一个主要的瓶颈就是， 生物学及相关学科的不同领域使用不同的术语，不仅让信息查找变得困难，也使数据的交流和分享更加困难。例如在一些不同的医疗数据库中，可能会存在很多不一致的描述，给数据的挖掘和分享带来很多麻烦。基因本体论提供了统一定义的条目来表示基因产物的属性。

基因本体的注释主要立足于以下三个角度：

*細胞組件，[[细胞]]的每个部分和细胞[[胞外]]环境。
*分子功能（'''molecular function'''），基因产物在分子级别的主要活动，比如结合以及[[酶促反应|酶催化]]。
*生物過程，分子事件的过程或集合，可以定义开始和结束的事件或行动，在集成的活的单位中发生，例如，细胞，[[组织 (生物学)|组织]]，[[器官]]，和[[生物]]中。

在基因注释中的每个每个条目（GO term）会有
* 一个条目名称，通常是一个词或着一串词
* 一个唯一的ID，通常由字母和数字组成
* 一个引用源的定义
* 一个命名域来指示所属的域。
每个条目也会有同义名（synonyms），同义名所指示内容与该条目完全等同，能够连接到其它相关数据库。每个条目会有条目涵义以及使用的注释。基因本体是一个[[有向无环图]]（DAG）型的本体，每个条目都与其它的同域或者不同域的条目定义了关系。GO被设计成种属中立的语言，能够使用在包括原核生物、真核生物、单细胞生物和多细胞生物上。

GO不是静止不变的，它是由一些研究和注释社区以及与GO项目直接相关人士提出建议或请求来进行的添加、修正或改动的。例如，一个注释者可能要求用某一个条目来表示一个代谢通路，或者在社区专家的帮助下可以修改注释的某个部分。建议的修改通过GO的编辑评审后，会被整合到合适的地方。

GO注释文件可以在GO官网免费下载到，也可以使用GO browser AmiGO<ref>{{Cite web|url=http://amigo.geneontology.org/amigo|title=AmiGO 2: Welcome|accessdate=2018-08-06|last=Consortium|first=Gene Ontology|work=amigo.geneontology.org|language=en|archive-date=2020-12-18|archive-url=https://web.archive.org/web/20201218051004/http://amigo.geneontology.org/amigo|dead-url=no}}</ref>网站来进行访问使用。GO注释文件有多种不同的格式。GO项目也提供向其它分类系统连接的图的下载。

== 參考文獻 == 
{{reflist}}
[[Category: 020 圖書資訊學總論]]