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{| class="wikitable" style="float:right; margin: -10px 0px 10px 20px; text-align:left"
|<center>'''古菌'''<br><img src="https://i1.go2yd.com/image.php?url=0KJfssDx5Z" width="250"></center><small>[https://www.xuehua.us/2018/10/23/%E9%97%AE%E7%AD%94-%E5%8F%A4%E8%8F%8C%E6%98%AF%E7%94%9F%E5%91%BD%E7%9A%84%E8%B5%B7%E7%82%B9%E5%90%97%EF%BC%9F/zh-tw/ 圖片來自雪花新聞]</small> 
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'''古菌'''（'''Archaea'''）又稱'''古細菌'''、'''古生菌'''或'''太古生物'''、'''古核生物'''，是[[单细胞生物|单细胞]][[微生物]]，构成生物分类的一个[[域 (生物)|域]]，或一个[[界 (生物)|界]]。这些微生物1970年前的分類属于[[原核生物]]，它們與[[细菌]]有很多相似之處，即它们没有[[细胞核]]<ref>[https://blog.xuite.net/ericbio/4/85566705-33++%E7%B4%B0%E8%83%9E%E6%A0%B8 细胞核]，xuite.net，2013/09/03</ref> 与任何其他膜狀胞器，同時另一些特徵相似於[[真核生物]]，比如存在重复序列与[[核小体]]。

过去曾经将古菌和细菌一同归为[[原核生物]]，并将其命名为“古细菌”，但这种分类方式已过时。事实上古菌有其独特的进化历程，并与其它生命形式有显著的[[生化]]差异，所以现在将其列为[[三域系统]]中的一个域。在这个系统中，古菌、细菌与真核生物各为一个域，并进一步划分为[[界 (生物)|界]]与[[门 (生物)|门]]。到目前为止，古菌已被划分为公认的四个门，随着进一步研究，还可能建立更多的门类。在这些类群中，研究最深入的是[[泉古菌门]]与[[广古菌门]]。但对古菌进行分类仍然是困难的，因为绝大多数的古菌都无法在实验室中纯化培养，只能通过环境宏基因组检测来分析。

古菌和细菌的大小和形状非常相似，但少数古菌有不寻常的形状，如嗜鹽古菌窩氏鹽方扁平古菌|Haloquadratum walsbyi拥有平面正方形的细胞。尽管看起来与细菌更相似，但古菌与真核生物的亲缘关系更为密切，特别是在一些[[代谢途径]]（如[[转录]]和[[翻译 (遗传学)|转译]]）有关[[酶]]的相似性上。古菌还有一些性状是独一无二的，比如由依赖醚键构成的[[细胞膜]]。与真核生物相比，古菌有更多的能量来源，从熟悉的有机物[[糖类]]到[[氨]]到[[离子|金属离子]]直到[[氢气]]。嗜盐菌|Halophile，如嗜滷鹽菌|Haloarchaea可以以太阳光为能源，其它一些种类的古菌能进行固碳反應|Carbon fixation；没有一种古菌能像[[蓝藻]]与[[植物]]进行[[光合作用]]。古菌通过[[分裂生殖|分裂]]、[[出芽生殖|出芽]]、[[断裂生殖|断裂]]来进行[[无性生殖]]，但没有发现能产生[[孢子]]的种类。

一开始，古菌被认为都是一些生活在[[温泉]]、[[咸水湖|盐湖]]之类极端环境的[[嗜极生物]]，但近来发现它们的[[栖息地]]其实十分广泛，从[[土壤]]、[[海洋]]、到[[河流湿地]]。它们也被发现在人类的[[大肠]]、口腔、与[[皮肤]]。尤其是在海洋中古菌特别多，一些[[浮游生物]]中的古菌可能是这个星球上数量最大的生物群体。现在，古菌被认为是地球生命的一个重要组成部分，在[[碳循环]]和[[氮循环]]中可能扮演重要的角色。目前没有已知的作为[[病原体]]或[[寄生虫]]的古菌，他们往往是[[偏利共生]]或[[互利共生]]。一个例子是{{Link-en|产甲烷菌|methanogen}}，生活在人和[[反刍]]动物的肠道中帮助消化，产甲烷菌|methanogen还被用于[[沼气]]生产和[[污水处理]]。嗜极生物古菌中的酶能承受高温和[[有机溶剂]]，常被[[生物技术]]所利用。

== 歷史 ==
=== 新域的诞生 ===

在20世纪的大部分时间里，原核生物因其[[生物化学|生化]]、[[形态学 (生物学)|形态]]和[[代谢]]上的一致性被视为分类上的单组生物。在这一时期，微生物学家试图根据其形状、[[细胞壁]]结构以及所消耗的物质来对微生物进行分类，即使用生物体的[[基因]]序列来搞清这些生物是如何相关联的。这种方法称为[[系统发育]]，是今天生物分类所使用的主要方法。

「古细菌」这个概念第一次出现是在1977年，由[[卡尔·乌斯]]和[[乔治·福克斯 (生物学家)|乔治·福克斯]]提出的，原因是它們在[[16S 核糖体RNA]]的[[系統發生樹]]上和其牠原核生物的區別。這兩組原核生物起初被定為古細菌和真細菌兩個[[界 (生物)|界]]或[[亞界]]（当时乌斯与福克斯更倾向于用「总界」一词）。后来[[卡尔·乌斯|乌斯]]認為它們是兩支根本不同的生物，於是在1990年重新命名其為古菌和細菌，并将這兩支和真核生物划为[[域 (生物)|域]]这一新建立的[[分類階級|分类阶元]]，一起構成了生物的[[三域系統]]。

起初只有一些产甲烷菌|methanogen属于这个新域，这些古菌以一些极端环境为栖息地，比如[[温泉]]和[[咸水湖|盐湖]]。到20世纪末，微生物学家意识到古菌是一个庞大而多元化的群体，不只局限于极端环境，而是广泛存在于自然界中，如土壤和海洋里。由于[[聚合酶链式反应]]（PCR）被大量用于探测采样土壤或水中的[[原核生物]]的[[核酸]]，古菌的重要性和独特性得到新的重视。PCR方法可以不经细菌培养|microbiological culture而直接探测和鉴别微生物。

=== 现行分类 ===

古菌和原核生物的分类一般是一个快速发展并充满争议的领域。现行的分类体系旨在将古菌组织成具有共同结构特征和共同祖先的生物群。这些分类很大程度上依赖于使用[[核糖体RNA]]基因序列来揭示生物之间的关系（[[分子系统发生学]]）。还有1994年Barns等建议建立的一个新门[[初古菌门]]包括一小群不寻常的嗜热品种，但这个门与泉古菌门演化关系密切。其它最近探别出来的古菌与已知古菌门类关系较远，如2006年发现的環境樣品是已知的生命體中最小的生命體。

== 細菌、古菌和真核生物的比较 ==
在[[細胞]]結構和[[代謝]]上，古菌在很多方面接近其它原核生物。然而在基因[[轉錄]]和[[翻译 (遗传学)|轉译]]這兩個[[分子生物學]]的中心過程上，它們並不明顯表現出細菌的特徵，反而非常接近[[真核生物]]。比如，古菌的[[翻译 (遗传学)|轉译]]使用[[真核生物]]的啓動和延伸因子，且轉譯過程需要真核生物中的TATA框結合蛋白和TFIIB。许多这些特征也被讨论如下。

古菌還具有一些其它特徵。與大多數細菌不同，它們只有一層[[細胞膜]]而缺少[[肽聚糖]]細胞壁。而且，絕大多數細菌和真核生物的細胞膜中的[[脂類]]主要由甘油[[酯]]組成，而古菌的膜脂由甘油[[醚]]構成。這些區別也許是對[[超高溫環境]]的適應。古菌[[鞭毛]]的成分和形成過程也與細菌不同。
== 參考文獻 == 
{{reflist}}
[[Category:360 生物科學總論]]