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音乐学院现已形成涵盖音乐学博士点、一个一级学科硕士学位授权点、三个二级学科 <ref>[https://www.sohu.com/a/230462900_623714 什么是一级学科、二级学科、国家重点学科？附名单！]，搜狐，2018-05-04</ref> 硕士点、一个艺术硕士（MFA）专业学位点，音乐学本科（国家基地班）、音乐学本科（师范类）、音乐表演本科，舞蹈学本科（师范类和非师类）等多层次办学体系。中国传统音乐理论、音乐史学、闽台音乐研究、音乐教育学研究是音乐学院的特色，其部分成果居于国内领先地位，在国际上也有一定声誉。

音乐学院教学科研成果显著。《福建传统音乐》获得中国高校人文社会科学优秀成果一等奖。《高师音乐教学综合改革》和《“民族音乐学及其教育”硕士研究生 <ref>[https://www.sohu.com/a/444286261_99895427 硕士研究生到底有哪些分类？]，搜狐，2021-01-13</ref> 主干专业课程教材建设》先后获得国家级优秀教学成果二等奖。教师出版专著教材100多部，论文1000多篇。音乐学博士生李玫博士学位论文被评为2002年“全国百篇优秀博士论文”。音乐学本科毕业生孙砾在2002年中央电视台举办的第十届“全国青年歌手电视大奖赛”中获业余组美声唱法金奖。学院选送的音乐舞蹈节目在1999年全国大学生艺术节中获11个奖项。在2005年“全国首届大学生艺术展演”中，音乐学院获得专业组二项一等奖。