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2013年1月，林百貨修復完成。修復完成後於6月30日到8月31日舉辦林百貨回顧展，開放民眾參觀（僅週三到週日10:00－17:00，場內人數控制在600人以下）。隨後由[[台南市政府文化局]]委外經營，經評選後由高青開發（[[台南企業]]關係企業，[[FOCUS百貨]]之業主）得標，並開始裝修<ref>[http://news.chinatimes.com/domestic/11050611/112013070400290.html 高青接下林百貨 「不賺錢也要做」] ，2013年7月4日，中國時報</ref>。而後在2013年12月5日，高青開發挑選當初林百貨開幕的日子重新在頂樓旗桿升上店旗，象徵林百貨的重生。最後在2014年6月14日，林百貨沿用原名再度開幕，由高青開發成立子公司「高青時尚」負責經營，並重新定位為臺南在地文創百貨，各個樓層有不同的規劃主題，分別是「台南好客廳」、「台南好設計」、「台南好品味」、「台南好美味」、「台南好文化」、「台南好風景」<ref>[http://www.chinatimes.com/newspapers/20140615000380-260107 林百貨重生 創辦人媳婦：感動]，2014年6月15日，中國時報</ref>。

林百貨由徐裕健建築師事務所施作修復工程。展開修復之後，文化界曾希望邀請在日本的林方一後人前來見證林百貨的重新開幕；而在修復工程接近完工階段時，林方一的二媳婦林千惠子與家人曾於2013年1月專程來臺參訪，並確認林百貨頂樓神社鳥居最上面的橫樑是平直無弧度，使鳥居的修復有所依據。