全县植物品种总计有171科，共2876种。其中，藻菌类11科，43属，计划性92种苔藓类4科，5属，计28种；蕨类15科，23属，125种；裸子植物类7科，8属，计81种；孢子植物134科，250属，计2350种。列为国际性国家级保护的珍贵植物有26种。其中，属国家一级保护的有[[水杉]]；属国家二级保护的有[[银杏]]（分布社硎、菜溪等地）、水松（分布仙游山、麦斜、五湖等地）、福建柏、胡桃、格木、[[杜仲]]、金钱松、楠木、铁刀木、云南石梓、红豆杉、山腊梅、青梅、巴戟、[[荔枝]]、小勾儿茶、异形玉叶金花等17种；属国家三级保护的有油杉（分布梧椿、潭边等地）、[[天竺桂]]、木荚红豆树、[[黄杞]]、厚朴、闹阳花、[[龙眼]]等8种 <ref>[http://www.xianyou.gov.cn/xygk/zrzy/201510/t20151016_1056462.htm 植物资源]，仙游县人民政府网站，2015-10-16</ref> 。