汾河为流经万柏林区最大的河流，发源于[[宁武县]][[管涔山]][[雷鸣寺]]，由[[摄乐村]]入境，从北向南流经[[大东流]]、[[彭村]]、[[后北屯]]、[[瓦窑]]、[[后王村]]、[[吴家堡]]、[[西寨]]到[[古寨村]]，纵贯万柏林区东部，区内流长20公里，属中游地带。万柏林区内还有[[虎峪河]]、[[九院沙河]]、[[玉门河]]、 [[ 冶峪沙河 ]] 等河流以及 [[ 晋阳湖 ]] 。