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学院初建于1918年12月8日，当时苏联革命成功后立即面临着白俄反动力量的反扑和外国军事力量的干涉。由于当时的红军大部分指战员都是未受过军事训练的革命者，十分缺乏经过严格专业训练的军官。为了改变这种状况，最高统率部决定在莫斯科成立自己的革命军校，培养政治合格、军事过硬的苏维埃军事干部。就这样，工农红军军事学院成立了。

1924年4月至1925年1月，著名的苏联军事家[[伏龙芝]]元帅担任了工农红军军事学院院长，在其任职其间，伏龙芝元帅对学院的教学、科研和党政工作进行过许多重大的改革，为表彰其对学院建设作出的突出贡献，1925年11月，在他逝世后，全体师生为纪念这位红军杰出的统帅和理论家，经最高统率部批准改名的请示后，工农红军军事学院正式被命名为伏龙芝军事学院。其后的几十年里，伏龙芝军事学院为苏联武装力量培养了大批军事人才，它的毕业生成为了苏联军队的中坚力量，在战争和和平年代中起到了巨大的作用，因此伏龙芝军事学院也成为世界上最有盛誉的著名军校之一。