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2018年7月，被苗栗地檢署依違反森林法第51條第3項、第1項擅自占用國有保安林地罪嫌提起公訴。趙自1999年起，擔任財團法人遠雄文教基金會（2013年更名為財團法人遠雄文教公益基金會）董事長，綜理基金會會務。趙藤雄以基金會向苗栗縣後龍鎮公所認養苗栗縣後龍鎮水尾子段1048-10地號土地（現地籍重測為秀水段760-1地號，由農業委員會林務局管理之國有保安林地）的機會，意圖為自己不法之利益，未經管理機關之核准或同意，在土地上興建家族墓園「天水園」。在2003、2005、2006、2009、2016等年間，陸續在國有保安林地上興建家族墓園，其中前3次修建，因已超過追訴權時效，不起訴處分；但2009年秋季及2016年夏季分別設置趙氏祖先陵墓與金爐， 分別擅自占用國有保安林地10.92平方公尺、10.88平方公尺、68.39平方公尺、1.72平方公尺<ref>[http://news.ltn.com.tw/news/Miaoli/breakingnews/2484149 家族墓園侵佔國有保安林地 趙藤雄被起訴]</ref>。

==爭議事件==