Michael F. Hammer在2005年的报告指出，259名男性日本人测试样本里：34.7%为单倍型类 群D 群D12 （此单倍型类群主要存于[[ 安达曼 日本 人]]等[[棕色人种當中少量存在于韓國]]，即 矮黑 繩文 人），另外还有[[单倍型类群 O2 (Y-DNA)|O-P31]] (31.7%)、[[单倍型类群 O3 (Y-DNA)|O-M122]] (20.1%)、[[单倍型类群 C-M130 (Y-DNA)|C]]-M8 (5.4%)、[[单倍型类群 C-M217 (Y-DNA)|C-M217]] (3.1%)、[[单倍型类群 NO (Y-DNA)|NO]] (2.3%) 和[[单倍型类群 N (Y-DNA)|N]] (1.5%)。<ref name="Hammer">cite journal|first=Michael F.|last=Hammer|title=Dual origins of the Japanese: common ground for hunter-gatherer and farmer Y chromosomes|journal=The Japan Society of Human Genetics and Springer-Verlag|year=2005|pmid=16328082|doi=10.1007/s10038-005-0322-0|url=http://www.eva.mpg.de/genetics/pdf/Japan.pdf|format=PDF|publisher=[[Springer Science+Business Media]] via [[Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology]]|accessdate=2007-01-19|volume=51|issue=1|pages=47–58</ref> 因此就父系DNA而言，拥有单倍型类群O父系基因的部分日本人和[[汉族]]、[[京族|越南人]]、[[朝鲜族|韩国人]]及其他东南亚人等是亲戚，但单倍型类群D（南亚的[[安达曼人]]，[[ 矮黑人青藏高原]]、绳文人、[[藏族]]等）的存在使日本人在血缘上有别于东亚其他人种（如汉族和朝鲜族）而更接近于[[ 海洋东南亚藏族人]]人和[[ 美拉尼西亚 羌族 人]]。<ref>J. D. McDonald, ''Map of Y Haplogroups'' (2005).</ref><ref>Jin HJ, Kwak KD,et al., ''Y-chromosomal DNA haplogroups and their implications for the dual origins of the Koreans'' (2003).</ref><ref>cite journal|url=http://www.plosone.org/article/authors/info:doi/10.1371/journal.pone.0029502|title=Identification of Close Relatives in the HUGO Pan-Asian SNP Database|first1=Xiong|last1=Yang|first2=Shuhua|last2=Xu|date=2011-12-29|publisher=|journal=PLoS ONE|volume=6|issue=12|pages=e29502|doi=10.1371/journal.pone.0029502|pmid=22242128|pmc=PMC3248454}}</ref>