光绪二十年（1894）,中日战争爆发后,徐树铭多次上疏奏事,皆不报。二十三年由吏部右侍郎改左都御史,充任经筵讲官。上疏请求实行蚕政,由清廷谕令各省督抚责成有关部门营办，按官员从违态度进行考核。清廷采纳，下令各省实行。二十五年受命为工部尚书。旋病卒。

徐树铭生平不事积蓄，惟嗜爱钟鼎书画，藏书数十万卷。垂老好学，暮年犹卷不释手。著有《澂园诗集》行世。