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先后获农业部、"有突出贡献中青年专家"称号 <ref>[http://www.qqq681.cn/mO30A3.html 郭予元 ],世界名人网</ref>，获国务院"政府特殊津贴"，获国家"85"科技攻关有突出贡献个人荣誉证书<ref>[https://www.taomingren.com/baike/6929 郭予元 ],淘明人, 2018-09-22，</ref>。1996年?1998年被任命为国家"85"攀登计划项目首席科学家，2002-2004年被国家科技部聘为《国家重点基础研究发展规划》"973"专家顾问组成员。2001年被中国科学技术协会评为全国优秀科技工作者。2001年当选为中国工程院院士。2002年获"全国杰出专业技术人才"称号。曾获国家科技进步二等奖1项、国家科技进步三等奖2项、省部级科技进步一等奖2项、二等奖5项<ref>[https://www.doc88.com/p-6951153662542.html 郭予元 ],道客巴巴网</ref>。由他主编的《棉铃虫的研究》获1999年国家图书奖提名奖。

1988.7~1998.7 农业部科学技术委员会 第三届-第六届委员、常务委员

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