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玛纳斯国家湿地公园是国家级湿地保护区，国家AA级景区 <ref>[https://www.sohu.com/a/292274207_120040166 国家AAA级、AA级旅游景区网上公示名单]，搜狐，2019-01-29 </ref> 。主要有夹河子水库、大海子水库、大湾子水库、下桥子三村水库等小型水库及周边流域，其保护规划总面积82920亩，其中：玛纳斯河古河床流域湿地面积45840亩（夹河子水库水域面积15000亩，鱼塘面积4500亩，次生林（红柳）面积10000亩，胡杨林面积400亩，人工营造林面积600亩，水草面积15340亩）；六阜河流域湿地面积37080亩（大海子水库水域面积18000亩，鱼塘面积600亩，水草面积18480亩）。湿地内水域广阔，滩涂广袤，池塘众多，有多种水鸟及植物种类，自然景观优美，又有小李庄农场文化相衬，保护价值相当突出。目前，我们已委托国家林业局调查规划设计院编制完成了《新疆玛纳斯国家湿地公园总体规划》，以便将玛纳斯湿地切实有效保护起来，改善玛纳斯整体生态环境。

2012年11月23日，受连续两天的大雪影响，千只野生候鸟在迁徙途中被困在新疆玛纳斯国家湿地公园。如果天气仍不好转，部分候鸟将不能抵达目的地，它们的生存将面临考验。野生候鸟每年10月-11月迁徙，每年都会有数千只候鸟途经湿地公园。2012年11月，候鸟迁徙已进入最后阶段，据初步统计，公园内已有天鹅、白鹭 <ref>[https://www.sohu.com/a/198477886_179248 “白鹭三兄弟”——大白鹭、中白鹭和白鹭]，搜狐，2017-10-17</ref> 、黑鹳、秋沙鸥等众多珍稀鸟类。