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1999年，根据国家有关高校学报建立特殊刊号系列的政策，经[[国家新闻出版署]] <ref>[https://www.sohu.com/a/393529479_100237836 刚刚，国家新闻出版署门户网站正式上线] ，搜狐，2020-05-07 </ref> 审核批准，成为在国内外公开出版发行的综合性学术刊物，定名为《蒙自师范高等专科学校学报》并由季刊改为双月刊。

《红河学院学报》被《中国期刊网》 <ref>[https://www.sohu.com/a/440975157_120237341 中国期刊网收录的论文能评职称吗]，搜狐，2020-12-28</ref> 、《中国学术期刊（光盘版）》、CEPS中文电子期刊服务全文收录期刊，《中国科学引文数据库》、《中国人文社科引文数据库》、《[[中国学术期刊综合评价数据库]]》、《中国科技论文在线》、《中国核心期刊数据库（遴选）》、中国知网、万方数据知识服务平台显示等收录。