運輸聯線的[[運輸聯線#收費|收費架構]]適用於此，乘客需繳付橫跨兩個收費區的費用，而在晚上6:30以後、星期六、星期日及假日的任何時間，乘客則只需繳付一個收費區的費用<ref>{{Cite web |url=http://www.translink.ca/en/Fares-and-Passes/Single-Fares.aspx |title=TransLink.ca - Single Fares |access-date=2010-02-27 |archive-url=https://web.archive.org/web/20090705012610/http://www.translink.ca/en/Fares-and-Passes/Single-Fares.aspx |archive-date=2009-07-05 |dead-url=yes }}</ref>。海上巴士過往亦如架空列車般，依靠乘客自律繳費。為了避免乘客[[逃票]]，碼頭内時有警察及運輸聯線工作人員查看乘客的付費證明。當局有權要求未能出示有效付費證明的乘客離開碼頭，最高罰款達173加元。海上巴士兩個碼頭的中央候船廳皆設有[[閘機|入閘機]]，但只作人流管制而非收取船費之用；每當入閘人數達船隻載客量上限後，入閘機會上鎖以免船隻超載{{cite web|url=http://professionalmariner.com/ME2/dirmod.asp?sid=420C4D38DC9C4E3A903315CDDC65AD72&nm=Archives&type=Publishing&mod=Publications%3A%3AArticle&mid=8F3A7027421841978F18BE895F87F791&tier=4&id=6B57C5E45DC84D83AA39532114306859|title=Vancouver commuter ferry celebrates 30 years of service|publisher=Professional Mariner|author=Alan Haig-Brown|date=2008-05|accessdate=2012-05-17}}{{dead link|date=2018年3月 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref><ref>{{cite web|url=http://www.tsb.gc.ca/eng/medias-media/articles/marine/2010/traversier-ferry.asp|title=Moving forward after a night to remember|publisher=Transportation Safety Board of Canada|author=Jonathan Seymour|date=2010-10|accessdate=2012-05-17}}</ref>。隨著運輸聯線推出[[康百世卡]]智能收費系統，濱海站和朗斯代爾碼頭皆加設驗票閘門，並於2016年4月啓用<ref>{{cite news|url=http://www.cbc.ca/news/canada/british-columbia/translink-fare-gates-compass-card-1.3471776|title=TransLink closing all SkyTrain and SeaBus fare gates April 4 |publisher=CBC News |date=2016-03-01 |accessdate=2016-11-12}}</ref>。