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医院妇科为甘肃省临床医学中心，产科、新生儿科和乳腺科为甘肃省临床医学重点学科。近年来，相继建成了甘肃省生殖保健中心、甘肃省新生儿重症救护中心、甘肃省儿童早期发展中心、甘肃省产前诊断中心、甘肃省新生儿疾病筛查中心、甘肃省孕产妇急救中心、甘肃省儿童急救中心、甘肃省医学遗传学中心；甘肃省妇幼保健院生殖医学中心、乳腺微创中心、宫颈病变诊治中心、腔镜中心、生殖免疫诊疗中心、围产医学中心、盆底障碍性疾病诊治中心和心血管中心等。2010年被确定为卫生部四级妇科内镜手术培训基地，腔镜妇科和新生儿科被确定为甘肃省妇科内镜和新生儿重症救护医疗质量控制中心。2015年，获批设立甘肃省儿科临床医学中心及甘肃省小儿呼吸内镜医疗质量控制中心。2016年8月，[[甘肃省]]妇产科医疗质量控制中心、甘肃省儿科医疗质量控制中心挂靠医院。

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