由于国家对环境问题的重视，北大在2002年将原城市与环境系与环境科学中心合并成立了环境学院。2003年，生态学本科专业开始招生。2007年5月， 学校决定将环境学院的两部分分开，原城市与环境学系所属部分成立了城市与环境学院。