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江苏省临床医学研究院依托我院建立，有国家重点实验室1个（生殖医学重点实验室（临床中心）），[[中国医学科学院]]重点实验室1个（活体肝脏移植重点实验室）。国家药物临床试验机构共有药物临床试验专业28个及I期临床试验研究室1个，通过了WHO/SIDCER认证和AAHRPP认证。
我院是南京医科大学的临床教学基地，第一临床医学院设在医院内，实行一体化管理。现有6个学系、43个教研室，有临床医学 <ref>[https://www.sohu.com/a/418784156_120855382 临床医学 ——医学门类一级学科]，搜狐，2020-09-17</ref> 和医学[[技术]]两个一级学科[[博士]]授予点，其中临床医学设有博士后科研流动站，涵盖了29个二、三级临床学科。医院是江苏省临床医学教育研究所依托单位，是国家住院医师规范化培训示范基地。
医院现有[[中国工程院]]院士1名（肝胆中心王学浩教授），美国医学科学院国际院士1名（康复医学中心励建安教授）；拥有各类国家重点人才项目专家13名；有[[中华医学会]]等专科分会常务委员及以上15人，江苏省医学会各专科分会主委、副主委74人。有国际外科学院执行委员会委员1人，听力国际副主席1人。