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日本研究所编制为58人，其中研究岗位为43人，科研辅助岗位为8人，行政管理岗位为7人。日本研究所的研究主体由获得博士学位和[[硕士]]学位的人员构成，每位研究人员均有明确的学科和研究领域定位，根据国家经济社会发展和当代[[哲学]][[社会科学]]学科发展的需要，承担[[国家社会科学基金|国家社科基金]]项目、中国社科院创新工程的重大项目、研究所创新工程项目、国情调查项目、各类委托交办项目等 <ref>[http://ijs.cssn.cn/yjry/sld/ybj/grjl/ 个人简历 ]，中国社会科学院日本研究所</ref> 。

日本研究所由日本政治、日本外交、[[日本经济]]、日本社会、[[日本文化]]等五个研究室和《[[日本学刊]]》 <ref>[http://www.xjwenhui.com/xueshu/44439.html 《日本学刊》2019年总目录-中国社会科学院日本研究所 ]，文汇坛，2020-03-21</ref> 编辑部、网络资料室、综合办公室构成。日本研究所设置日本政治研究中心、中日关系研究中心、中日经济研究中心、中日社会文化研究中心等四个非实体跨所研究机构，代管中华日本学会和全国日本经济学会等两个全国性日本研究学术团体。日本研究所履行中国社会科学院研究生院日本学系职责，招收和培养当代日本研究的硕士生和[[博士]]生；设立当代日本研究[[博士后流动站]]，为中国的当代日本研究领域培养和输送人才。